ForInter

BAVARIAN RESEARCH ASSOCIATION INTERACTION OF HUMAN BRAIN CELLS

Research Association ForInter

Scanpy Workshop

30/06/2020

The technology of single cell RNA sequencing opened a new chapter in the study of the biology of single cells. The study of the transcriptome of thousands of cells also required new software "tools". Dr. Maren Büttner, postdoc in Theis group and research member in ForInter, designed a two-day workshop in the form of a webinar for the ForInter scientists on the subject of data analysis of single cells with Scanpy.

Scanpy Graphik: Genexpressionsmustern muriner Gehirnzellen

Visualisierung von Genexpressionsmustern muriner Gehirnzellen mit Scanpy

Eines dieser „Werkzeuge“ für die Datenanalyse ist die schnelle und skalierbare Python-basierte Software Scanpy, die von der Arbeitsgruppe von Fabian Theis, Projektleiter in ForInter, entwickelt wurde. Dr. Maren Büttner, Postdoktorandin in Theis Gruppe und Forschungsmitlied in ForInter konzipierte ein zweitägiges Workshop in Form eines Webinars für die Wissenschaftler*innen von ForInter zum Thema Datenanalyse von Einzelzellen mit Scanpy. Nicht nur biologisches Hintergrundwissen zur Einzellzell-Sequenzierung wurden erwartet sondern auch grundlegende Programmierkenntnisse in Python, ein Verständnis für Statistik sowie Datenvisualisierung und Interpretation.

Scanpy Webinar: Picture of webinar participants

Dr. Maren Büttner, Postdoktorandin in Theis Gruppe und Forschungsmitlied in ForInter konzipierte ein zweitägiges Workshop in Form eines Webinars für die Wissenschaftler*innen von ForInter zum Thema Datenanalyse von Einzelzellen mit Scanpy. Nicht nur biologisches Hintergrundwissen zur Einzellzell-Sequenzierung wurden erwartet sondern auch grundlegende Programmierkenntnisse in Python, ein Verständnis für Statistik sowie Datenvisualisierung und Interpretation.

Information

Launching date

03.2019

End

02.2023